福音战士新剧场版：序

突袭世界的大劫难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重修。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。伤害之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但迎接真嗣的，倒是是父亲冷酷地敕令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机械人与使徒战争。　　本已表示回绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决策遵从父亲的敕令。就如许，从未受过作战训练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。　　世界的运气交付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐蔽的“人类补完设计”好像也开始了行动。掌握统统答案的碇元渡，却只是不动生色地察看，好像统统早已写入脚本。